10년 전의 대지진으로 인해 도쿄는 함몰되고, 지진 전까지 도쿄에 살았던 이가라시 간타는 평범한 중학생 소년이다.
그러던 어느 날, 허공에서 붉은 사나이가 나타나 간타의 반 친구들을 죽여 버리고 사라진다.
유일한 생존자인 간타는 살인범으로 체포되고 특수한 형태의 감옥인 데드맨 원더랜드에 수감된다.
수감자들은 이곳에서 도쿄 재건을 위한 기금 마련을 목적으로 하는데, 다만 이것은 대외적인 모습일 뿐이고 실제로는….