무대 여배우 쥬리에게 괴도 키드의 예고장이 날아왔다. 여배우는 자신의 보석을 지키려고 모리 코고로 (유명한)에게 의뢰를 한다. 예고장의 암호를 보고 코고로 (유명한)는 의뢰인이 주연하고 있는 극장 공연 중에 키드가 보석을 빼앗을 것이라고 추리했다. 사건 당일, 코난은 괴도 키드를 찾아내서 추적하지만 결국 놓친다. 그 다음날에 보석을 지킨 답례로 하코다테 별장에 초대된 코난 일행은 가는 도중에 또 다른 사건에 말려든다. 비행기 안에서 마키 주리 (연주리)가 살해당하고, 기장과 부조종사가 의식 불명에 빠지는 일이 벌어졌다. 결국 코난은 그곳에 변장하고 몰래 탔던 괴도 키드와 함께 비행기 조종을 하게 되는데...