4차 닌자대전으로부터 2년 후
휴우가 히아시와 그를 보좌하는 두명의 휴우가 가문의 닌자들,
그리고 하얀 머리칼의 젊은 남성 닌자가 서로 대치하고 있다.
의문의 닌자는 히아시의 대답이 휴우가 가문의 미래를 결정할 것이며, 신중하게 답하라고 한다.
그러나 히아시는 거절이라며 의문의 닌자에게 달려든다.
두명의 닌자들은 의문의 닌자가 불러들인 꼭두각시들과의 싸움에서 선방하나,
기이하게 신체가 꺾이며 구포를 쏴대는 꼭두각시들의 전투 방식 상 근접전을 위주로 하는 휴우가 가문의 전투 방식이 속절없이 당하며 사망해버린다.
히아시는 처음에는 선방하나 꼭두각시의 수가 너무 많아 결국 몸을 피하려 동굴에 들어갔다가 동굴이 무너져 돌덩이들을 맞으며 갇히게 된다.

그런 가운데 달의 이상 접근이 관측되어 인류 멸망이 우려되는 상황.
그리고 수수께끼의 남자 토네리가 히나타 앞에 나타나, "어느날 너를 맞이하러 가겠다"고 말한뒤
그녀의 여동생 하나비를 납치하는 사건이 일어난다.
모든 사건이 연결되어 있다고 추측한 6대째 호가케 카카시는, 나루토, 히나타, 사쿠라, 시카마루, 코뿔소의 5명에게 하나비 탈환 임무를 내린다.